С первого курса студенты занимаются исследовательской работой: для этого в составе факультета созданы учебно-научная лаборатория экспериментальной медицины, междисциплинарный научно-образовательный центр развития компетенций в сфере здравоохранения.

Задачи, решаемые в рамках научной и образовательной деятельности на медицинском факультете, всегда ориентированы на нужды практического здравоохранения. Этому помогают тесные связи с университетами и научно-исследовательскими институтами, известными учеными. Под руководством опытных клиницистов (д.м.н., профессор Бяхов М.М., к.м.н., доцент Смирнов А.А.) работают научные кружки по онкологии и хирургии.

Одним из лидеров отечественной медицинской науки, работающих в МГОУ, является д.м.н., профессор, член-корреспондент РАН Филипп Николаевич Палеев.